发源于梧桐山的深圳河全长37公里（干流约14公里），其中深港界河22公里，联通汇聚着深港两地的6条一级支流，也让深港两地有了不可分割的联系。自1982年以来，深港双城围绕深圳河治理开展了防洪排涝、水环境改善等多个领域的合作，共同书写出大湾区建设的生态答卷。
突破壁垒，合力推进深圳河水质攻坚
1982年，深港双方成立了深港联合治理深圳河工作小组，突破不同体制机制、技术规范的限制，开创了不同制度、不同法律观念的两地政府联合治理环境问题的先例。
为改善深圳河水质和满足行洪需要，深港两地推动开展四期深圳河联合治理工程。从1995年一期工程动工，到2017年四期工程完工，治理后的深圳河防洪标准由过去的2-3年一遇提高到50年一遇，基本上消除深圳河洪涝隐患并整治了大部分干流排污口。“十三五”以来，深圳高强度开展了深圳河全流域水环境综合整治，有力推动深圳河水质实现由劣Ⅴ类到Ⅳ类的跨越。
通过粤港环保及应对气候变化合作小组、深港环保合作交流会等平台，深港两地环保部门持续联合推进深圳河等流域治理，就共同提升深圳河水质建立了专人联系机制，及时沟通深圳河干支流水质、异常排水等问题。2018年起，深港两地多次开展深圳河联合采样行动，共同监测深圳河水质改善情况，推动沿岸有关排污口达标排放。
2023年初，深圳、香港两地成立了深港环保合作专班，两地环保部门通力合作，形成了共同治理的良好氛围。通过深港合力攻坚，2023年深圳河口国控断面水质达到Ⅲ类标准，达到国家考核要求。
深化合作，书写深圳河联合治理新篇章
为进一步强化深圳河联合治理工作，深港两地共同打造出具有鲜明特色的合作机制：建立定期会议机制，每半年召开一次合作专班会议；建立“一对一”对接联络机制，开展工作互访、专题会议、实地考察等多种形式合作交流活动；建立工作报告制度和工作进展汇报机制，及时总结、固化关键核心领域的突破性进展。
考虑到深港两地所采用的水环境质量标准和水污染物排放标准不尽相同，深港两地密切联动调研，建立深港双方水质管理工作群，每周通报深圳河干支流水质，随时沟通水环境管理相关问题，并利用深港环保合作专班、深港联合治理深圳河工作小组等平台，组织两地环保和渠务部门累计开展实地考察、座谈会、联合监测等各种形式的交流17次，积极研究能满足两地水环境质量要求的方案。为协助港方在大型市政污水处理厂进行化学除磷工艺初试，双方联合调研两地污水处理厂处理工艺，召开除磷技术交流会议，重点交流深圳侧污水处理厂的除磷工艺流程、关键运营参数及经验、进出水指标及经济成本等。
随后，港方在石湖墟污水处理厂进行相关改造工程，并于2023年8月下旬启动了化学除磷试验，以协同提升深圳河水质。截至2024年7月底，石湖墟污水处理厂的排放水总磷可达到城镇污水处理厂一级A排放标准（<0.5mg/L），部分时间甚至达到地表水Ⅳ类标准（<0.3mg/L）。同时，深圳深入开展深圳河提质攻坚行动，实施“厂、网、河、站、池、泥”全要素全流域一体化管控，共梳理落实治水任务107项、完成混流社区正本清源改造778个、新建管网10.33公里、完善或修复管网22.07公里，有力保障深圳侧水质达标；深圳还同步推进茅洲河、观澜河等主要河流提质攻坚行动，2023年全市21个国控省控断面水质优良率首次达到100%。
2024年1-7月，深港双方继续保持密切合作，香港侧支流梧桐河的总磷均值下降至0.19mg/L，达到Ⅲ类标准，同比下降57.5%；深圳河口总磷浓度同比下降17.5%，水质达到Ⅲ类标准，全市21个国控省控断面水质保持全优良。
深圳将进一步深化深港联合治理深圳河工作，包括污水零直排区建设、流域污水收集处理系统智慧化管理水平提升、水质监测数据互享共享、水动力及水质模型研究等，合力推动深圳河口水质稳定达到Ⅲ类标准，争取打造粤港澳大湾区环保合作的优秀案例。
